经济适用房包括了两个部分，一是一般意义上理解的公开向社会销售的经济适用房，二是政府部门和国有企事业单位在“自有用地”或以其他方式取得的土地上建设的只供给内部成员的经济适用房。

对于公开销售的经济适用房，虽然各地政府在公平分配方面做了很多努力，但完全的公开透明始终难以做到。高度稀缺资源与巨大套利空间造就了大量的寻租行为，以致超过200平米的“经济适用”豪宅、开着豪车住经济适用房、经济适用房大量被出租、摇号造假、房号买卖等等报道充斥于媒体。

问题更为严重的是不对外公开销售，只供应单位内部成员的经济适用房。非常清楚的是，只是政府部门和国有企事业单位才有资格、有可能以“自有用地”或其他方式获得土地建设只供应内部人员的经济适用房。据相关媒体报道，中央政府部门从来就没有停止过福利分房，只不过是以“集资建房”、“经济适用房”等新的面目出现，而这样的做法得到了从中央到地方一系列政策的支持，包括国务院1999年《在京中央和国家机关进一步深化住房制度改革实施方案》和2005年《关于完善在京中央和国家机关住房制度的若干意见》，以及国有企事业单位和地方政府出台的各种文件。

近年来，政府部门和国有企事业单位自建经济适用房更是超出了“自有用地”范围，2005至2009年，仅北京就有4736公顷土地被作为经济适用住房用地，占总供地计划指标的66%，但同期面向社会供应的经济适用房只占市场总供应量的7%左右，其余的经济适用房都“被内部”了。这些“被内部”的经济适用房用地划拨给了什么单位，建设了多少经济适用房，分配给了谁，都没有向社会明确公布。只是在近年政府迫于社会舆论压力加强经济适用房管理后，这些单位为了在“形式上”符合要求，将申购经济适用房和限价房纳入了所属地方的管理程序，由此被媒体报道，我们才得以一窥蛛丝马迹。

例如，在2010年8月9日海淀区公布的限价商品房审核公示的名单中，170余名申请人都是国家知识产权局的工作人员，且绝大部分属于国家知识产权局专利局。这些保障住房项目实际上与地方没有任何直接关系，地方也无权干预，只是帮助“走程序”，北京市和相关区县所获得的好处就是不费吹灰之力就完成了保障房建设任务。

政府部门和国有企事业单位利用手中掌握的权力，借保障房的名义攫取全民资源服务少数人利益，不仅严重扭曲了保障房制度和整个住房市场，更是严重损害了党和政府的公信力。