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南海区委政策研究室此前撰文指出，农村股份合作制应该“坚持投资主体多元化，不断改变资本的有机构成，提高产业的构成层次”。
只求稳定而不提高农村股份合作经济的发展模式，农民分红很难保值或提高。但在成都市三圣街道，农民在将土地流转给企业后，如何提高补偿金额又面临另外一种困境。
从2003年开始，三圣街道红砂社区的土地就开始流转，到了2007年，全社区共1800多亩已全部流转给花木企业。在当时流转合同上以农民失地不失利的原则为农民进行补偿，每亩地或补偿1000斤大米，或补偿1000元钱。合同签至2027年，其间补偿数额每5年递增10%。
协议签订当初，大米的价格每斤为0.8~1元钱。但是现在，物价涨了，大米最便宜也要2元多。按照协议的价格，现在只能每亩地补偿1800元。协议已经签好了，补偿太少怎么办？社区党委书记朱大顺说，老百姓不愿意，我们只能去跟企业做工作，重新谈补偿标准。
朱大顺回忆，2004年的时候，大米涨价，村集体在和企业反复磋商之后，每亩地调整到了1500元，最近又调整到了2100元，随着物价的起伏，朱大顺认为，虽然协商比较困难，但这些工作将持续下去。
在天津，农民宅基地换房后，同样面临收益如何提高的问题。
多位村民向《中国经济周刊》表示，搬到城里之后，很多村民都失业了，没有稳定的工作，他们只能打短工，或待在家里。
葛沽镇农民人均耕地约为0.8亩，按照50000元一亩的土地补偿款计算，每人可获得耕地补偿约40000元，再加上每人大约27800元的社会保险，每人总共获得补偿67800元。
开始，他们觉得这些钱不算少，但没过多久他们就发现，一年的暖气费、燃气费、水费、物业管理费得花好几千，物价也比农村高。辛庄子村一位村民对记者说：“农村有些事，500块钱可能就够了，在城里，1000块钱可能都还不够。”
“我们现在就是吃老本，要是没工作，老本总有吃完的时候。”一位村民向《中国经济周刊》记者表达了自己的担忧。
小产权房成改革之痛
一直以来，小产权房转正是人们关注的焦点，由于小产权房规模巨大，属于法律之外的另类产物，因此它已成为农村集体土地流转政策制定的难点。
2012年5月25日，国土资源部和广东省政府共同在深圳召开的土地管理制度大会上，酝酿两年的《深圳土地管理制度改革总体方案》正式公布。深圳市土地管理制度改革正式启动。
这个被国土资源部部长徐绍史称为“我国土地管理制度改革史上又一次里程碑式的重大抉择”的改革，试点方案公布消息一出，立即引发了市场关注，被外界称为“二次土改”。而改革关注的重点也很快聚焦于利益博弈最为尖锐的小产权房转正问题上。此后，深圳市委常委、常务副市长吕锐锋明确表态说：“这一解读是不正确的。”
小产权房由来已久。上世纪90年代初，深圳对暂时难以开发的土地“绕道而行”，之后城中村的改造工作进展缓慢，大批在集体土地上建设的房屋，产权被镇村认可，但不被法律承认。
杨遴杰告诉《中国经济周刊》，目前政府规定，城镇人口不能在农村购买农民住宅、宅基地和小产权房。任何地方所进行的集体建设用地的流转，都没有放开房地产这一块。
小产权房“不合规矩”，但在全国各地却大量存在，很多人想买，很多人也想卖。
在成都郫县，出租车司机指着街道两边的楼房告诉记者，这些都是小产权房。司机的一番话让人联想到了2009年郫县小产权房“转正”的说法。当年郫县的一些小产权房在2008年汶川地震后申请购买了异地挂钩周转指标，从而成功“转正”。
所谓“异地挂钩周转指标”，其实就是“城镇建设用地增加与农村建设用地减少挂钩”的方式，将都江堰、彭州等重灾区的建设用地指标“平移”给成都其他地区。而郫县在购买了一部分彭州、都江堰的指标后，将其中的小部分指标用在了对小产权房的处理上。在缴纳相关的税费以及土地出让金后，小产权房即可办理成大产权，而筹集的资金则用在了灾后重建上。
然而，这次小产权房“转正”工作昙花一现。郫县国土局工作人员后来表示，大部分异地挂钩周转的土地指标要用于重要基础设施、工程建设，所以供给小产权房的只是很小一部分。此后，小产权房转正再也没有下文。
2011年9月27日，国土资源部“原则同意”北京市开展集体建设用地建设租赁住房试点工作。据了解，唐家岭地区试点工作，将由当地村民组成土地股份制合作社，以合作社作为集体经济组织，履行占地开发手续。
如今，一年多时间过去了，2012年12月16日，《中国经济周刊》记者在唐家岭时发现，租赁住房尚未开工，村民如何参与分成的细节仍未明确。有媒体分析认为，正是由于此次“试点”与“小产权房”有很大类似之处，所以，这项工作进展较慢。
小产权房转正为何这么难？杨遴杰认为，这是因为小产权房说到底还是在集体建设用地上盖的房子，而且是在集体土地的农用地上盖的房子，而农用地上盖房子本身就不合规。此外，政府也担心小产权房冲击到房地产市场。
我国现行的《土地管理法》第四十三条规定，农村集体土地只能用于兴办乡镇企业、村民建设住宅、乡(镇)村公共设施和公益事业建设三个方面。
杨遴杰指出：“按照现行法律规定，小产权房就是不合规的建筑。因为现有农村集体土地的用途不包括为城市提供商品住宅这种用途。”
在区分占用耕地和集体建设用地的基础上，将一部分农民自建的小产权房合法化(比如用作保障房)，是近两年来诸多业界学者的看法。十一届全国政协委员郭松海等一些学者，曾连续多年就小产权房转正问题，在全国两会上递交提案。国土资源部对此项提议一直未作明确表态。
专家认为，此次《土地管理法修正案草案》不会涉及这方面的内容。小产权房或将继续面临被“严查”的命运，小产权房规模之大，涉及面之广，已经成为此轮农村土地改革的难点。
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