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由于顾及社会稳定，各地在最新一次农村土地承包经营权确权登记试点中异常谨慎，甚至不积极。江苏省农村经济经营管理站站长杨天水介绍，农村基层乡村干部对开展农村土地承包经营权登记试点工作总体积极性不高，甚至有些地方不愿意开展试点工作。试点县也只是选择了少数乡镇的少数村开展试点工作。广东省云安县2011年7月开始在南盛镇大窝和横岗两个村开展农村土地承包经营权登记试点。但直到2012年2月29日才成立试点工作小组，试点至今还未推进。
权属关系混乱土地确权难度大
记者调查发现，二轮承包中新旧矛盾叠加积累等问题是当前集体土地承包经营权确权工作难开展的主要诱因。
首先是二轮承包发证过程中旧问题未解，新矛盾又至。江苏、江西、广东等地农业部门负责人介绍，1998年国家进行确权登记和发放承包经营证。2003年土地承包法出台，粮食价格飙升，农田纠纷开始出现。2004年，国务院下发《关于妥善解决当前农村土地承包纠纷的紧急通知的通知》，各地重新下发承包经营权证和确权登记表。
但农村二轮土地承包中，少数乡村干部对承包政策操作不规范，落实不到位，致使部分《农村土地承包经营权证》没有及时分发到户，出现“有地无证、有证无地、一地多证、一证多地、无地无证”等多种现象，土地权属关系十分混乱。包括广东、安徽、江西等省份都出现，1998年二轮承包时发的承包经营权证与2004年再次发的证上农田面积和承包对象等不一致，一些地区出现更多纠纷。
其次是农村土地调整带来不少潜在纠纷。按照国家法律，不允许对承包土地进行大调整，但是有的地方农民约定以村小组、自然村等为单位三五年做一次调整，导致实际土地承包经营状况全部发生变动，与1998年确权和发证的情况完全不相吻合。根据农业部门调查，江西南昌县2400多个村民小组中有300多小组做过类似的调整，带来了不少土地纠纷。
同时，农村土地多轮流转、公益设施建设用地占用农田、农转非以及婚丧嫁娶土地没调整、农户间互换田块等土地纠纷问题在农村非常突出，土地承包经营权清晰界定难度大。广东省云安县农业局副局长简伟熊表示，作为全国试点的南盛镇土地流转率达到73%，有的甚至流转多次，时长达二三十年不等；尤其是一些农田建了建筑物，属于违法用地，建筑物没有任何法律证书，仅仅处于民间承认状态，如果确权登记使之有所变化，协调利益方有一定难度。
三是不少政策性问题需要进一步确定。大窝村支部书记邓健芳认为，一些农村人员户口迁出去了，按政策是自愿退田，可没人愿退。一些地方干部也反映，1998年二轮承包的30年合同还未失效，这次确权颁证是否要签合同，签订合同的时间和期限等都还有待政策确定，县市不敢擅自探索。
同时，确权过程中发现多出不少原来被隐瞒的土地以及农民新开荒土地，也需要相应政策来处置。安徽省六安市金安区马头镇副镇长王宏告诉记者，2011年5月份，马头镇被确定为农村土地承包经营权登记试点工作镇。目前实测农田面积比二轮承包登记面积多出46%。黑龙江省农委负责人介绍，2012年黑龙江省方正县和阿城区被批复为农村土地承包经营权确权试点，其中也发现多出不少土地。但由于土地二轮承包期内不宜调整，因此量出来的地也不好处理，只好等待统一处理。
基层干部反映，这些多出来的土地如何确权登记让地方政府官员压力不小，需要确定这些土地的承包权属对象，还要国家对新增土地确认后给予优惠补贴。
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